สำนักงานป้องกันและปราบปรามยาเสพติด ภาค 1-9 มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
1) กำหนดยุทธศาสตร์ แนวทาง และบูรณาการด้านนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผนและงบประมาณด้านยาเสพติดในพื้นที่ตามที่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมประกาศกำหนด
2) ประสานและสนับสนุนเทคนิควิชาการด้านยาเสพติด ให้แก่หน่วยงานและองค์กรในพื้นที่รับผิดชอบ
3) ประสานและดำเนินการตามกฎหมายและระเบียบเกี่ยวกับยาเสพติด และกฎหมายว่าด้วยมาตรการในการปราบปรามผู้กระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
4) ติดตาม ประเมินผล และเฝ้าระวังสถานการณ์ปัญหายาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
5) เสริมสร้างความเข้มแข็ง และสนับสนุนชุมชน องค์กรภาคเอกชน และองค์กรภาคประชาชนในการดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
6) ประสานและสนับสนุนการตัดฟันทำลายพืชเสพติด ปฏิบัติภารกิจ และปฏิบัติการร่วมในการแก้ไขปัญหายาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

โดยแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบออกเป็น 5 ส่วน คือ
1 ส่วนยุทธศาสตร์และอำนวยการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) อำนวยการและบริหารจัดการเกี่ยวกับการบริหารทั่วไปของสำนักงาน เช่น งานสารบรรณ งานบุคคล งานการเงิน งานพัสดุ งานรักษาความปลอดภัย งานประชาสัมพันธ์ เป็นต้น
(2) ดำเนินการพัฒนานโยบายและยุทธศาสตร์ในการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบให้สอดคล้องกับสภาพปัญหา สภาพแวดล้อม และนโยบายการแก้ไขปัญหายาเสพติดของชาติ รวมทั้งการวิเคราะห์ผลการปฏิบัติตามนโยบายเพื่อสรุปเสนอแนะให้มีการปรับปรุงแก้ไข
(3) จัดทำแผนยุทธศาสตร์ และแผนปฏิบัติการในพื้นที่รับผิดชอบให้สอดคล้องกับสภาพปัญหายาเสพติด
(4) ประสานสนับสนุนจัดทำแผนคำขอตั้งงบประมาณประจำปี และจัดทำแผนปฏิบัติการประจำปีของกอง และส่วนราชการที่เกี่ยวข้องในพื้นที่รับผิดชอบ
(5) วิเคราะห์และกลั่นกรองคำของบประมาณประจำปี และแผนปฏิบัติการประจำปีของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในพื้นที่รับผิดชอบ
(6) ติดตามและประเมินผล โดยดำเนินการติดตาม ประมวลและรายงานผลการดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดของหน่วยงานต่าง ๆ ในระดับภาคและระดับพื้นที่ รวมทั้งสนับสนุนการประเมินผลแผนงาน โครงการที่สำคัญ
(7) ส่งเสริมและสนับสนุนงานด้านวิชาการ การพัฒนาทางวิชาการ การศึกษาวิจัย ตลอดจนสนับสนุนให้มีการศึกษาวิจัยสภาพปัญหายาเสพติด รูปแบบการดำเนินงานที่เหมาะสมกับพื้นที่ โดยเน้นลักษณะโครงการนำร่องเพื่อพัฒนานโยบาย และเป็นตัวแบบในการแก้ไขปัญหายาเสพติดที่เหมาะสม และขยายผลให้เกิดการปฏิบัติในพื้นที่ต่อไป
(8) ดำเนินการพัฒนาบุคลากรทั้งภายในและภายนอกสำนักงาน โดยใช้ระบบการฝึกอบรม จัดประชุมสัมมนา และศึกษาดูงานด้านการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด
(9) ดำเนินการรณรงค์เผยแพร่ประชาสัมพันธ์เพื่อการป้องกันและบำบัดรักษายาเสพติด รวมทั้งการผลิตสื่อและสนับสนุนให้มีการเผยแพร่สื่อด้านการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดไปสู่กลุ่มเป้าหมาย 
(10) ประสานงานต่างประเทศโดยประสานและสนับสนุน ความร่วมมือในการดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดตามข้อตกลงระดับทวิภาคี และพหุภาคี ตลอดทั้งการดำเนินการแก้ไขปัญหายาเสพติดบริเวณชายแดน
(11) อำนวยการและสนับสนุนการดำเนินงานตามโครงการส่งเสริมและสนับสนุนภาคประชาชนในการแก้ไขปัญหายาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
(12) ทำหน้าที่เป็นแกนกลางในการบริหาร กำกับดูแล และร่วมปฏิบัติงานในโครงการพิเศษต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นตามนโยบายของสำนักงาน
(13) ประสานและอำนวยการศึกษาดูงาน และสนับสนุนวิทยากรให้แก่หน่วยงานต่าง ๆ ตามที่ได้รับการร้องขอ
(14) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

2 ส่วนตรวจสอบทรัพย์สินและบังคับโทษปรับ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ตรวจสอบทรัพย์สินคดียาเสพติดตามพระราชบัญญัติมาตรการในการปราบปรามผู้กระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติด พ.ศ. 2534 และกฎหมายหรือระเบียบที่เกี่ยวข้อง
(2) ให้คำปรึกษา แนะนำพนักงานเจ้าหน้าที่และผู้ที่เกี่ยวข้องในการปฏิบัติงานตามพระราชบัญญัติมาตรการในการปราบปรามผู้กระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติด พ.ศ. 2534 และกฎหมายระเบียบที่เกี่ยวข้อง
(3) รวบรวม พิจารณากลั่นกรองข้อมูล เอกสารหลักฐาน เพื่อเสนอคณะอนุกรรมการตรวจสอบทรัพย์สิน
(4) ดำเนินการในฐานะเลขานุการคณะกรรมการตรวจสอบทรัพย์สินภาค
(5) ประสาน และดำเนินการเกี่ยวกับการยึด อายัดทรัพย์สินตามกฎหมายว่าด้วยมาตรการในการปราบปรามผู้กระทำความผิดเกี่ยวกับยาเสพติด
(6) บริหารและจัดการทรัพย์สินที่ยึดหรืออายัด ขายทอดตลาด และรับมอบ ส่งมอบทรัพย์สิน
(7) ดำเนินการบังคับโทษปรับในฐานะเจ้าหนี้ตามคำพิพากษา ตามกฎหมายว่าด้วยวิธีพิจารณาคดียาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
(8) ร่วมสืบสวนทางการเงินของเครือข่ายการค้ายาเสพติด
(9) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

3 ส่วนประสานพื้นที่ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) พัฒนาและจัดระบบอำนวยการ และมาตรการในการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดของจังหวัดต่าง ๆ ในพื้นที่รับผิดชอบ
(2) อำนวยการ เร่งรัดการดำเนินงานตามแผนโครงการแก้ไขปัญหายาเสพติดที่กำหนดขึ้น และสำนักงานสนับสนุน
(3) ประสาน ส่งเสริม และสนับสนุนการพัฒนาระบบอำนวยการและเทคนิควิชาการแก่หน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ ในพื้นที่ ได้แก่ หน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน องค์กรประชาชน และสถาบันองค์กรทางสังคม รวมทั้งพยายามประสานให้หน่วยงานองค์กรดังกล่าวเข้ามามีส่วนร่วมในการดำเนินงานป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด
(4) สนับสนุนข้อมูลการข่าว สถานการณ์ปัญหายาเสพติด และให้คำปรึกษาแนะนำเกี่ยวกับแนวคิดและแนวทางการดำเนินงานตามมาตรการต่าง ๆ ในลักษณะของที่ปรึกษาด้านยาเสพติดแก่ผู้ว่าราชการจังหวัดและผู้บริหารระดับสูงของหน่วยงานในจังหวัด ตลอดจนองค์กรและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(5) ติดตามผลการดำเนินงานและปัญหาอุปสรรคการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติดของหน่วยงานต่าง ๆ ในพื้นที่รับผิดชอบ
(6) ปฏิบัติภารกิจและปฏิบัติการร่วมกับหน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ ในพื้นที่รับผิดชอบ
(7) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

4 ส่วนวิเคราะห์ข่าวและเฝ้าระวัง มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ดำเนินการตามวงรอบข่าวกรอง เริ่มจากอำนวยการข่าว โดยรับกำหนดเป็นหัวข้อข่าวสาร โดยคำนึงถึงปัจจัยแวดล้อมภายในและภายนอกองค์กร ได้แก่ นโยบาย สถานการณ์ภายในและต่างประเทศ รวมทั้งความเปลี่ยนแปลงภายในองค์กร
(2) วางแผนรวบรวมข่าวสาร/ข่าวกรอง และวิเคราะห์ภารกิจให้ตรงกับหน่วยข่าว ชุดปฏิบัติการข่าว และแหล่งข่าวที่สำนักงาน จัดตั้งขึ้น
(3) ดำเนินกรรมวิธีทางการข่าว โดยเฉพาะการตรวจสอบ พิสูจน์ทราบ และประเมินค่าข้อมูล ข่าวสาร ข่าวกรอง จากระบบทะเบียนของหน่วยงานภายในและภายนอก
(4) สนับสนุนงานสืบสวน ขยายผลข้อมูลข่าวสารที่ได้จากหน่วย/ชุดปฏิบัติการข่าว และแหล่งข่าว เพื่อนำไปสู่การเชื่อมโยงการข่าว
(5) กำหนดกรอบการพัฒนาระบบฐานข้อมูลยาเสพติดทั้งในด้านการข่าว การเฝ้าระวัง เพื่อบันทึก ประมวลผล ตรวจสอบประเมินค่า รวมทั้งผลิตรายงานข่าวกรองในรูปแผนผังความเชื่อมโยง (Link Diagram) ภาพจำลองสถานการณ์
(6) ประสานและรวบรวมข้อมูลเชิงสถิติ การสำรวจ วิจัย และเอกสารวิชาการ เพื่ออ้างอิง สนับสนุนข้อมูลจากการข่าว เพื่อประโยชน์ในการวิเคราะห์ และคาดการณ์แนวโน้มสถานการณ์ยาเสพติดในระดับภาค และพื้นที่
(7) ผลิตรายงานข่าวกรองยาเสพติด รายงานสถานการณ์ปัญหายาเสพติดทั้งในระดับพื้นที่ภาค/จังหวัด กลุ่มเครือข่ายและพื้นที่พิเศษ สำหรับสนับสนุนหน่วยปฏิบัติในพื้นที่
(8) เป็นแกนหลักในการจัดระบบข้อมูลยาเสพติดเพื่อการพัฒนาห้องปฏิบัติการข้อมูลยาเสพติดของกอง
(9) สนับสนุนข้อมูลการข่าว สถิติ ข้อมูลการตรวจสอบจากระบบทะเบียนแก่ส่วนต่างๆ ภายในสำนักงาน และโต๊ะข่าว ศอ.ปส. จังหวัด
(10) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

5 ส่วนอำนวยการบังคับใช้กฎหมาย มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ให้คำปรึกษาแนะนำด้านกฎหมาย ระเบียบ คำสั่งเกี่ยวกับยาเสพติด
(2) อำนวยการ สนับสนุน และปฏิบัติการร่วมในการปราบปรามยาเสพติดกับหน่วยงานและองค์กรต่าง ๆ ในพื้นที่
(3) ประสาน รวบรวม และสนับสนุนข้อมูลการข่าวยาเสพติดเพื่อประโยชน์ในการปราบปรามยาเสพติดในพื้นที่
(4) กำกับ ติดตาม และปฏิบัติงานตามกฎหมายและระเบียบที่เกี่ยวข้องกับยาเสพติดในพื้นที่รับผิดชอบ
(5) ควบคุม กำกับ ดูแล และอำนวยการตามระเบียบ สำนักงาน ป.ป.ส. ว่าด้วยการยืมเงินล่อซื้อเพื่อการปราบปรามผู้จำหน่ายยาเสพติด พ.ศ. 2543 แก่หน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(6) ดำเนินการตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรี ว่าด้วยการป้องกันเจ้าหน้าที่ของรัฐมิให้เกี่ยวข้องกับยาเสพติด พ.ศ. 2542 และพระราชบัญญัติป้องกันและปราบปรามยาเสพติด พ.ศ. 2519 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 3) พ.ศ. 2543 เกี่ยวกับสถานประกอบการในพื้นที่รับผิดชอบ
(7) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย