ศูนย์ประสานงานแม่น้ำโขงปลอดภัย มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

1) รวบรวม วิเคราะห์ และเสนอแนะสถานการณ์ยาเสพติดในพื้นที่ ประสานข่าวการสืบสวน ปราบปราม และการสกัดกั้นยาเสพติด เคมีภัณฑ์ และสารตั้งต้นที่ใช้ในการผลิตยาเสพติดทั้งภายในและภายนอกประเทศ
2) จัดทำแผนปฏิบัติการร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งภายในและภายนอกประเทศ
3) อำนวยการ ประสานงาน บริหารจัดการ แผนงาน งบประมาณ ร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งภายในและภายนอกประเทศ
4) ประสานการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องในพื้นที่รับผิดชอบ
5) กำกับ ติดตาม และรายงานผลการดำเนินงานตามแผนงาน โครงการในแผนปฏิบัติการ
6) เป็นศูนย์ปฏิบัติการสารสนเทศแม่น้ำโขงปลอดภัย
7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย