สถาบันสำรวจและติดตามการปลูกพืชเสพติด มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
1) ดำเนินการสำรวจ วิเคราะห์ และจัดทำรายงานการลักลอบปลูกพืชเสพติด
2) ตรวจสอบ ชี้เป้าหมาย สนับสนุนข้อมูลข่าวสารแก่หน่วยงานและองค์กรที่เกี่ยวข้องในการตัดฟันทำลายพืชเสพติด
3) จัดทำและสนับสนุนข้อมูลภาพถ่ายทางอากาศ ภาพถ่ายจากดาวเทียม และข้อมูลจากระบบภูมิสารสนเทศในรูปแบบแผนที่สถานการณ์ปัญหายาเสพติด
4) จัดทำและสนับสนุนระบบข้อมูลด้านอุปสงค์และอุปทานยาเสพติด ในรูปภูมิสารสนเทศ
5) พัฒนาวิชาการด้านการสำรวจและติดตามการปลูกพืชเสพติดและเป็นศูนย์รวบรวมและถ่ายทอดความรู้ เทคโนโลยีทั้งในประเทศและต่างประเทศ
6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

โดยแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบออกเป็น 4 ส่วน คือ
1 ส่วนยุทธศาสตร์และอำนวยการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษาและทำความเข้าใจนโยบาย ยุทธศาสตร์ มาตรการ ข้อสั่งการในระดับกรม ถ่ายทอด และบริหารนำไปสู่การปฏิบัติในระดับกอง
(2) จัดทำข้อเสนอเชิงนโยบาย ยุทธศาสตร์ แผนงาน โครงการ แผนปฏิบัติการ งบประมาณ และตัวชี้วัดในการดำเนินงานตามภารกิจของกอง
(3) บริหาร ประสาน สนับสนุน ติดตาม และสรุปผลการตัดทำลายพืชเสพติดของหน่วยงานระดับภาค
(4) ประสานและดำเนินการเพื่อการบริหารและพัฒนาองค์กร ทั้งด้านบทบาทภารกิจ โครงสร้าง ระบบงาน บุคลากร วัฒนธรรม ค่านิยม ภาพลักษณ์ และการสื่อสารขององค์กร
(5) บริหารจัดการด้านทรัพยากรบุคลากรให้สอดคล้องเหมาะสมกับภารกิจและหน้าที่ รวมทั้งมีแรงจูงใจ และขวัญกำลังใจในการปฏิบัติงาน
(6) บริหารและดำเนินการด้านงานการเงิน สารบรรณ ธุรการ วัสดุ/ครุภัณฑ์/ยานพาหนะ อาคาร/สถานที่ การจัดซื้อ/จัดจ้าง การประชาสัมพันธ์ และการรักษาความปลอดภัย
(7) บริหาร กำกับ ติดตาม และรายงานผลการดำเนินงานของกอง
(8) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

2 ส่วนเทคโนโลยีภูมิสารสนเทศ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษาและพัฒนานวัตกรรม ระบบ และการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีภูมิสารสนเทศ เพื่อประโยชน์ ในการสำรวจและตัดทำลายพืชเสพติด รวมทั้งการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด
(2) ศึกษา รวบรวม วิเคราะห์ และประมวลผลข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับอุปสงค์และอุปทานยาเสพติด เพื่อประยุกต์ใช้เทคโนโลยีภูมิสารสนเทศสนับสนุนการป้องกันและแก้ไขปัญหายาเสพติด
(3) จัดทำและปรับปรุงฐานข้อมูลภาพถ่ายทางอากาศ ข้อมูลจากดาวเทียม และข้อมูลภูมิสารสนเทศทั้งระดับประเทศ ภาค จังหวัด อำเภอ ตำบล หมู่บ้าน และบุคคล
(4) จัดทำ ผลิต และสนับสนุนข้อมูล แผนที่ และสื่อเชิงภาพจากฐานข้อมูลภาพถ่ายทางอากาศ ข้อมูลจากดาวเทียม และข้อมูลภูมิประเทศ สนับสนุนหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(5) จัดหา ปรับปรุง และบำรุงรักษาเครื่องมือและอุปกรณ์ต่าง ๆ ด้านเทคโนโลยีสารสนเทศให้มีประสิทธิภาพและทันสมัย
(6) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

3 ส่วนพัฒนาวิจัยด้านพืชเสพติด มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษาและวิจัยเกี่ยวกับพืชเสพติด
(2) รวบรวมและบริหารจัดการองค์ความรู้เกี่ยวกับพืชเสพติด วิธีการสำรวจพืชเสพติด
(3) จัดทำ/พัฒนาหลักสูตรด้านการสำรวจพืชเสพติด เทคโนโลยีภูมิสารสนเทศ และองค์ความรู้ที่เกี่ยวข้องกับพืชเสพติด
(4) จัดฝึกอบรม/สัมมนา/ศึกษาดูงาน/เวทีแลกเปลี่ยนเรียนรู้ด้านการสำรวจพืชเสพติด เทคโนโลยีภูมิสารสนเทศ และองค์ความรู้ที่เกี่ยวข้องกับพืชเสพติดให้กับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในและต่างประเทศ
(5) ประสาน สนับสนุน และเสริมสร้างความร่วมมือกับต่างประเทศด้านพืชเสพติด
(6) จัดทำรายงานการสำรวจฝิ่น/พืชเสพติดประจำปี รวมทั้งผลิตและเผยแพร่เอกสาร/สื่อทางวิชาการที่เกี่ยวข้อง
(7) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

4 ส่วนสำรวจพืชเสพติด มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษา/วิจัย และปรับปรุงเทคนิค/รูปแบบ/วิธีการ/เครื่องมือในการสำรวจพืชเสพติดให้มีประสิทธิภาพ
(2) จัดทำแผนการสำรวจพืชเสพติดประจำปี 
(3) ดำเนินการสำรวจพืชเสพติดภาคอากาศและภาคพื้นดินครอบคลุมพื้นที่ทั่วประเทศ
(4) วิเคราะห์และประมวลข้อมูลที่ตั้ง พื้นที่ และปริมาณพืชเสพติดที่ได้จากการสำรวจ
(5) ผลิตแผนที่และข้อมูลเชิงภาพจากดาวเทียมเพื่อใช้ในงานสำรวจและตัดทำลายพืชเสพติด
(6) จัดทำฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับพืชเสพติด
(7) วิเคราะห์และจัดทำสถานการณ์รวมถึงแนวโน้มเกี่ยวกับพืชเสพติด
(8) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย