สถาบันวิชาการและตรวจพิสูจน์ยาเสพติด มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้
1) ตรวจพิสูจน์ของกลางยาเสพติดตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการจับยึด และตรวจพิสูจน์ยาเสพติด
2) พัฒนาและสนับสนุนวิชาการด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั้งในประเทศและต่างประเทศ
3) ศึกษาและวิเคราะห์เอกลักษณ์และองค์ประกอบของตัวยาเสพติดเพื่อพิสูจน์ทราบแหล่งผลิตและการแพร่กระจายของตัวยา
4) เสนอแนะมาตรฐานการตรวจพิสูจน์และกำกับติดตามให้เป็นไปตามมาตรฐาน
5) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

โดยแบ่งหน้าที่ความรับผิดชอบออกเป็น 4 ส่วน คือ
ส่วนยุทธศาสตร์และอำนวยการ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) อำนวยการและบริหารจัดการเกี่ยวกับการบริหารทั่วไปของสถาบัน
(2) จัดทำแผนยุทธศาสตร์และแผนปฏิบัติการของสถาบันวิชาการและตรวจพิสูจน์ ยาเสพติดประจำปี
(3) บริหารจัดการโครงการและงบประมาณให้เป็นไปตามแผนปฏิบัติการประจำปีงบประมาณ และติดตามการดำเนินงานตามแผนและงบประมาณให้เป็นไปตามห้วงเวลาที่กำหนด
(4) ติดตามและประเมินผลการปฏิบัติงานตามแผนงาน โดยรายงานผลการติดตามการดำเนินงานและผลการใช้จ่ายงบประมาณตามแผนปฏิบัติการ
(5) ประสานส่วนที่เกี่ยวข้องเพื่อดำเนินการเกี่ยวกับการจัดทำตัวชี้วัดการดำเนินงานเพื่อจัดทำคำรับรองการปฏิบัติราชการประจำปีและการประเมินผลการปฏิบัติราชการของกอง
(6) จัดการฝึกอบรมและสัมมนาด้านวิชาการ และตรวจพิสูจน์ยาเสพติดภายในและภายนอกประเทศ
(7) จัดทำบัญชีส่งมอบของกลางยาเสพติด และควบคุมดูแลในการจัดส่งของกลาง ที่เหลือจากการตรวจพิสูจน์เก็บรักษาที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
(8) จัดการฝึกอบรมและสัมมนาด้านวิชาการและตรวจพิสูจน์ยาเสพติด ภายในและภายนอกประเทศ
(9) จัดการศึกษาดูงานกรณีหน่วยงานภายนอกขอศึกษาดูงานของสถาบัน
(10) อำนวยการประสาน และสนับสนุนงานด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติดให้เป็นไปตามมาตรฐาน ISO/IEC 1725:2005 ที่กำหนด
(11) อำนวยการแผนและงบประมาณเกี่ยวกับการตรวจพิสูจน์ยาเสพติดของสถานตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั่วประเทศ
(12) อำนวยการการเก็บรักษาและการทำลายของกลางยาเสพติด
(13) ดำเนินงานด้านการควบคุมภายในของสถาบัน
(14) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนตรวจพิสูจน์ยาเสพติด มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ตรวจพิสูจน์ของกลางยาเสพติดตามกฎหมายและระเบียบกำหนด
(2) ตรวจพิสูจน์สารตั้งต้น และเคมีภัณฑ์ ที่ใช้ในการผลิตยาเสพติด
(3) ประสานการตรวจพิสูจน์สารเสพติดในร่างกาย
(4) ตรวจพิสูจน์สารต้องสงสัยก่อนการจับกุม
(5) ศึกษา/พัฒนาวิชาการ เทคโนโลยีด้านการตรวจพิสูจน์
(6) ศึกษา/พัฒนา/จัดทำ และสนับสนุนชุดตรวจสารเสพติดเบื้องต้น
(7) ศึกษา/พัฒนา/จัดทำ และสนับสนุนชุดตรวจสารเสพติดในร่างกายเบื้องต้น
(8) เก็บรักษาของกลางยาเสพติด และอุปกรณ์ที่อยู่ระหว่างการตรวจพิสูจน์
(9) ดำเนินการจัดส่งของกลางยาเสพติดที่ตรวจพิสูจน์แล้ว เก็บรักษาที่สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา
(10) ติดต่อ/ประสานงานสถานตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั่วประเทศ
(11) บรรยายความรู้เกี่ยวกับยาเสพติด และการตรวจพิสูจน์เบื้องต้น
(12) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนวิเคราะห์ลักษณะเฉพาะของยาเสพติด มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษา/วิเคราะห์ เอกลักษณ์บรรจุภัณฑ์ และองค์ประกอบของเม็ดยา (Tool Mark, Packaging and Ingredient)
(2) ตรวจพิสูจน์ตัวยาเสพติดในเชิงลึก เพื่อหาแหล่งที่มา และความสัมพันธ์ของตัวยาแต่ละคดี
(3) ศึกษาแนวโน้มการแพร่ระบาดของสารเสพติด และการผลิตสารเสพติด
(4) ดำเนินการเชื่อมโยงเครือข่ายข้อมูล การตรวจพิสูจน์ยาเสพติด ระหว่างสถานตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั่วประเทศ และต่างประเทศ
(5) ศึกษา/รวบรวม/ประมวล/วิเคราะห์ ข้อมูลด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด จากสถานตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั่วประเทศ เพื่อจัดทำสถานการณ์ข้อมูลการเฝ้าระวังตัวยา
(6) ศึกษา/รวบรวม/ประมวล/วิเคราะห์ และจัดทำรายงานความเชื่อมโยงของคดี ยาเสพติดทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ
(7) ศึกษา/รวบรวม/ประมวล/วิเคราะห์ และจัดทำรายงานสถานการณ์ ตัวยาเสพติดภายในประเทศและต่างประเทศ
(8) ตรวจวิเคราะห์ และรวบรวม พยานหลักฐานต่าง ๆ ที่หลงเหลืออยู่ในของกลางยาเสพติด
(9) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

ส่วนวิชาการทางวิทยาศาสตร์ มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
(1) ศึกษา/วิเคราะห์ คุณลักษณะทางเคมีของยาเสพติด (Impurity Drug Profiling)
(2) กำหนดเกณฑ์มาตรฐานในการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด
(3) เสนอแนะแนวทาง นโยบาย และแผนการพัฒนาการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด
(4) พัฒนาวิชาการด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด และเป็นศูนย์รวบรวม แลกเปลี่ยนและถ่ายทอดความรู้ และเทคโนโลยีการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด
(5) พัฒนาบุคลการด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั้งภายในประเทศและต่างประเทศ
(6) พัฒนาสถานตรวจพิสูจน์ยาเสพติดทั่วประเทศ
(7) ศึกษา/รวบรวม/ประมวล/วิเคราะห์ เกี่ยวกับสารตั้งต้น เคมีภัณฑ์ และอุปกรณ์ ที่ใช้ในการผลิตยาเสพติด
(8) สนับสนุน/ให้บริการข้อมูล และเอกสารวิชาการด้านการตรวจพิสูจน์ยาเสพติด แก่หน่วยงานและองค์กรที่เกี่ยวข้อง
(9) ประสานหน่วยงานที่เกี่ยวข้องหรือองค์กรความร่วมมือระหว่างประเทศ เพื่อความร่วมมือสนับสนุนด้านเทคโนโลยี วัสดุ อุปกรณ์ และเครื่องมือวิทยาศาสตร์
(10) ปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย